ファイルアクセス時にフォルダを順に辿る為、インストール時に（例えばＣドライブにインストールする場合は）C:\Godiusというようにフォルダをドライブのルートにするといいです。ただし、ルートに置けるファイル数には制限がある為にルートにインストール（つまりC:\）のようにしないようにしましょう。
C:\Godiusに再インストールし直す場合は一度何処かにGodius以下のファイル全てをコピーして、アンインストールし、インストールし直してコピーしたファイルやフォルダをインストールしたファイルやフォルダを上書きするといいです（アップデートで新しいバージョンにする場合に時間がかかり過ぎる場合がありますので、その対策です）
Windows98SEかWindowsMEをお持ちならシステムのプロパティを開いて、デバイスマネージャのタブをクリックし、ディスクドライブを開いてGENERIC IDE DISK TYPEをダブルクリックして、設定タグを押し、ＤＭＡにチェックを入れるとデータの転送速度が少しだけ速くなるようです。
NT系ではシステムのプロパティを開いて、ハードウェアタブをクリックしてデバイスマネージャのボタンを押してIDE ATA/ATAPIコントローラのプライマリIDEチャネルとセカンダリIDEチャネルでＤＭＡにできます。基本的にインストール時にＤＭＡが使える場合はＤＭＡに自動設定されます(WindowsNT2000はＳＰ２以降よりＤＭＡ転送モードが追加されたとのことです)。
スタートメニュー→設定→タスクバーとスタートメニューのプロパティでタスクバーを他のウィンドウの手前にする（ＯＳによって少し違う文になってます）のチェックを外すと少しだけ描画速度が上がります。が、実際にゲームしている最中も速くなるかは不明です。何かしらウィンドウが描画されるとタスクバーを毎回後から上書きして上にあるように見せている為です（必要ない人には無駄な描画）。
Windows98、WindowsMEをＤＯＳモードで起動して、コマンドプロンプトで scanreg /fix /optと打って実行しましょう。
レジストリの無駄な物を消して、処理が速くなるように再構成してくれます。/fixがエラー修復及び無駄なレジストリの削除、/optが最適化をしてくれるオプションスイッチです。
同様な機能はRegConやシマンテックのノートンユーティリティのWinDoctorにもあります。
レジストリ自体がアプリケーションのインストールやアンインストールをしない限りは追加も削除も（基本的には）されませんので、これらを実行する機会は少ないでしょう。
多少メモリに余裕が出来ますので一度は実行した方がいいかもしれません。
NT系はNTREGOPTやPageDefrag等を使ってもレジストリの整理・軽量化が出来ます。
小さいファイルが多く読み込む為、ネームキャッシュを増やす事で高速化できます。
Windows98、WindowsMEでシステムのプロパティを開いて、パフォーマンスのタブをクリックし、ファイルシステムのボタンを押します。コンピュータの主な使用目的をネットワークサーバーに設定するとメモリを多く使用しますが多少速度アップします。キャッシュ容量が増えて高速化するのですが、最低でも６４メガバイトのメインメモリが無いと逆に遅くなりますので注意して下さい。
NT系の場合はシステムのプロパティを開いて、詳細設定のタブをクリックして、パフォーマンスの設定ボタンを押します。次に詳細設定ボタンを押して、メモリの使用量のシステムキャッシュを選択するといいです。最低でも１２８メガバイトの容量が無いと逆に遅くなる可能性が高いですので注意して下さい。
ファイルキャッシュを増やす事で高速化が出来ます
NT系のＯＳで窓の手等のツールを使用して、メインメモリの４分の１程度の容量を上限として設定するといいです。
9x系のＯＳでスワップをなるべく行わないようにして速度低下を防ぎます。なるべく１２８Ｍ以上のメモリがある場合にやって下さい。
いじくるつーるや窓の手で設定できます。
NT系はカーネルを常に物理メモリに常駐させる事でシステム部分のスワップを無くす事で一時的な速度低下を防げます。
レジストリを直接変更するのが怖い方は窓の手やWin高速化 XP+等のツールを使って設定する方法もあります。
クイックランチをオフにする事で使用容量を減らせます。タスクバーにあるＩＥ等のアイコンがあるショートカットなのですが、アイコンを１つ消すだけでも容量が空きます。
タスクバーを右クリックして、ツールバー→クイック起動のチェックを外すか、タスクバーとスタートメニューのプロパティでクイック起動を表示するのチェックを外すといいです。
WindowsXP限定で画面のプロパティを開いて、テーマをWindowsクラシックにします。
システムのプロパティを開いて詳細設定のタグをクリックして、パフォーマンスの設定ボタンを押します。視覚効果のパフォーマンスを優先するを選択します。
コントロールパネルを開いて、管理ツールをダブルクリックし、サービスを実行します。themesをダブルクリックして、スタートアップの種類を無効にします。
Windows98、WindowsMEは起動時にDVD-ROMやDVD-RAMの為のUDFドライバが読み込まれます。DVDドライブを搭載していない場合は無駄にメモリを消費しますので、スタートメニューからファイル名を指定して実行を選択し、msconfigを実行しましょう。システム設定ユーティリティが起動したら全般タグにある詳細設定ボタンを押し、UDF ファイル システムを使用不可にするにチェックを入れて下さい。再起動後に有効になります。
高速なドライブに仮想メモリ専用ドライブにする事で速度の低下をある程度防げます。２つ以上のＨＤＤドライブを用意し、システムやゲームが入っているドライブとは物理的に違うドライブの先頭のパーティションに入れるのが理想です。
9x系で仮想メモリのドライブを変更するにはシステムのプロパティを開き、パフォーマンスタブをクリックし、仮想メモリを押します。自分で設定を選択し、仮想メモリを置きたいドライブに変更します。
NT系で仮想メモリのドライブを変更するにはシステムのプロパティを開き、詳細設定タブをクリックし、パフォーマンスの設定ボタンを押します。パフォーマンスオプションの詳細設定タブをクリックし、仮想メモリの変更ボタンを押します。仮想メモリを置きたいドライブ以外のドライブはページングファイルなしを選択し、仮想メモリを置きたいドライブにはカスタムサイズの項目に容量を入れます。
WindowsXP限定で、インデックスサービスをオフにするとインデックス作成の為に速度低下するのを防げます。
スタートメニューから検索→ファイルやフォルダを選択します。検索結果の設定を変更するを選択し、インデックスサービスを使わないを選択します。
次に各ドライブのプロパティを開いてこのディスクにインデックスを付け、ファイル検索を速くするのチェックを外します。
SlimRegWindowsを使用して日本環境で使用するように不要なレジストリを削除して容量を空けれます。
補足